Los científicos están permanentemente investigando las causas específicas de la aparición de las fisuras faciales.
Según los estudios, las más frecuentes son la herencia con familiares afectados hasta la tercera generación en un 20 y 25% de los casos.
También están los factores ambientales como exceso de vitamina A, drogas anticancerígenas, corticoides, drogas antiepilépticas, antiinflamatorios, estrés, tabaco y alcohol que actúen durante el primer trimestre del embarazo en un 10% de los casos.
A pesar de esto, en más del 50% de los casos no es posible encontrar una causa evidente.